Realmente deberías estar haciendo uno u otro. Por consistencia, así como por el bien de SEO.
Forzar el www.
RewriteEngine On RewriteCond %(HTTP_HOST) ^your-site.com (NC) RewriteRule ^(.*)$ http://www.your-site.com/$1 (L,R=301)
Quite el www.
RewriteEngine On RewriteCond %(HTTP_HOST) !^your-site.com$ (NC) RewriteRule ^(.*)$ http://your-site.com/$1 (L,R=301)